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<title>表观组服务-上海鲸舟基因科技有限公司</title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comlist_15.htm]]></link>
<description>11表观组服务-上海鲸舟基因科技有限公司</description>
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<title><![CDATA[多重BSP测序甲基化验证服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_411.htm]]></link>
<description><![CDATA[多重扩增测序技术具有原理简单、通量高的特点，是对于中等数量位点（10-50），较大样本量（&gt;200）的高性价比芯片数据验证方案。本方案采用独特的多重BSP扩增试剂与多重BSP引物设计相结合的方案，可以得到目的DMP位点或DMR区域的甲基化修饰细节，可在单碱基分辨率下分析甲基化修饰程度与甲基化单体型结果。]]></description>
<pubDate>2023-10-13 16:46:18</pubDate>
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<title><![CDATA[5hmC甲基化检测服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_408.htm]]></link>
<description><![CDATA[遗传密码除了ATCG四碱基之外，其中胞嘧啶C也因其嘧啶环第5倍碳原子的甲基化修饰，而携带表观遗传信息而被称为第5位碱基（5-甲基胞嘧啶，5mC）。DNA的甲基化修饰赋予了DNA双链除蛋白质编码信息外的表观遗传记忆，对基因组稳定性、基因表达和发育具有深远的影响。 随着DNA的去甲基化酶--DNA双加氧酶TET的发现，胞嘧啶甲基化修饰的氧化形式才渐渐进行人们的视野。5羟甲基化胞嘧啶（5hmC)是甲基化胞嘧啶最常见的氧化形式，不仅是5mC主动去甲基化的中间体，还是基因组中稳定存在的修饰形式，有着特异的结合蛋白，在调控胚胎发育、干细胞分化、神经系统的塑造及在肿瘤等复杂疾病中具有重要作用。&nbsp;&nbsp;5hmC 甲基化修饰的研究技术原理示意图&nbsp;&nbsp;中科普瑞利用甲基化芯片检测5hmC DNA甲基化修饰甲基化芯片是成熟的甲基化研究工具，因其稳定而准确的结果，被广泛应用于肿瘤、老年性疾病等复杂疾病的研究中。深圳中科普瑞生物技术有限公司日前基于Illumina 850K甲基化芯片，探索并开发了高通量5hmC检测新方法，可以更大程度地减少对DNA的损伤，结合常规方法可对5mC和5hmC的修饰情况进行综合分析。&nbsp;&nbsp;分析展示&nbsp;&nbsp;]]></description>
<pubDate>2023-10-11 09:57:49</pubDate>
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<title><![CDATA[Illumina 935K甲基化芯片服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_407.htm]]></link>
<description><![CDATA[Illumina&nbsp;Infinium MethylationEPIC v2.0（Illumina&nbsp;935K甲基化芯片），该产品是Illumina&nbsp;&nbsp;MethylationEPIC v1.0的升级版本，包括超过935,000个CpG位点，同时最大限度地兼容MethylationEPIC v1.0（Illumina&nbsp;850K甲基化芯片）。&nbsp;EPIC v2.0在原EPIC v1.0的基础上经过评估，将原芯片中性能较差的探针移除和替换。同时增加了186000个CpG位点，靶向增强子、超级增强子、CTCF结合位点、CNV检测区域以及EPIC v1.0上未充分覆盖的CpG岛和常见的癌症驱动突变。此外，EPIC v2.0还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的染色质开放区域。&nbsp;²EPIC v2.0 与EPIC v1.0/450K芯片等前序版本的高度兼容性&nbsp;&nbsp;&nbsp;²EPIC v2.0与前序产品的异同比较&nbsp;²EPIC v2.0覆盖的基因组区域&nbsp;&nbsp;²高度准确和精确的甲基化数据Infinium甲基化分析法能够检测到0.2的beta值差异，假阳性率低于1%，从而实现了较高的分析灵敏度，同时也具有极好的数据可重现性。如下图所示（A）EPIC v2…]]></description>
<pubDate>2023-10-11 09:20:42</pubDate>
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<title><![CDATA[人DNA甲基化捕获测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_405.htm]]></link>
<description><![CDATA[SureSelect 人甲基化测序系统（Human Methyl-Seq）是首个全面的NGS靶向序列捕获系统，将重亚硫酸盐处理方法和Illumina高通量测序平台相结合，进行全基因组甲基化捕获测序，对DNA进行先捕获后转化的技术策略。可帮助研究人员关注那些已知甲基化可影响基因调控的区域：CpG islands、CpG island shores、CpG island shelves、 undermethylated 区域、启动子、肿瘤及组织特异性甲基化区域 (DMR)、增强子、Ensemble 调控区域和DNase I 高敏感位点。一、技术优势与应用方向技术优势：✴ 样本类型：细胞、全血、新鲜冷冻组织，石蜡FFPE✴&nbsp;重复性高：实验重复性分析相关系数R2&gt;0.97✴&nbsp;高灵敏度：单碱基分辨率✴&nbsp;可以检测相对比较多的位点，370万CpG位点✴&nbsp;可进行甲基化单体型分析应用方向：肿瘤方向研究、精神类疾病研究、复杂疾病研究、生长发育性研究、甲基化年龄研究等。二、送样建议三、数据分析甲基化捕获测序原始数据以fastq（fq）文件格式存储，对于下机的 FASTQ 数据需要进行质控，这里采用fastp和multiQC（版本：0.19.4），进行全方位质控，使用bismark（bismark版本: v0.19.0；bowtie2版]]></description>
<pubDate>2023-10-13 10:17:32</pubDate>
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<title><![CDATA[CUT&amp;Tag服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_335.htm]]></link>
<description><![CDATA[CUT&amp;Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&amp;Tag）是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合，并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。技术优势与传统ChIP-Seq相比，该技术具有以下优势：1) 它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀，而是通过针对靶蛋白或转录因子等的抗体和 Protein G/A 的介导，使得与 Protein G/A 融合的 Tn5 酶在切割 DNA 片段的同时在序列两端加上测序接头，经过 PCR 扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库；2) 该技术无需交联与超声打断操作，规避了其所引起的抗原决定簇遮盖和样本损失问题，提高了信噪比，并且极大地降低了样本起始量，最低仅需60个细胞即可完成实验。应用范围CUT&amp;Tag技术可从基因组范围内检测组蛋白、RNA polymerase II和转录因子等蛋白质结合的DNA区域，应用于临床和科研的表观遗传学研究。或是结合生物信息学分析，找到转录因子下游调控的靶基因，为进一步阐明生物学机制提供依据。实验流程样本要求✔&nbsp;&nbsp;细胞样本：数目大于60。上海周边地区可以送]]></description>
<pubDate>2021-05-19 12:55:38</pubDate>
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<title><![CDATA[RNA pull down服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_334.htm]]></link>
<description><![CDATA[RNA pull-down是研究细胞内RNA与蛋白或与RNA结合情况的技术。通过将RNA进行标记（生物素探针），再与细胞裂解液共同孵育，从而形成RNA-蛋白质复/RNA合物，之后再分离复合物得到蛋白质/RNA。通过western blot 或mass Spectrometry检测蛋白质，通过定量PCR或高通量测序来鉴定与其相互作用的RNA分子。RNA pull-down已成为研究RNA与蛋白互作的核心技术。实验方案目标RNA的制备及生物素标记 —&nbsp;磁珠富集RNA —&nbsp;RNA结合蛋白孵育 —&nbsp;RNA结合蛋白洗脱 —&nbsp;银染质检 —&nbsp;WB/MS检测交付内容✔&nbsp; 完整的实验报告✔&nbsp;&nbsp;提供RNA pull down 产物Western Blot及质谱鉴定结果技术优势✔&nbsp;富集检测低丰度目的蛋白-RNA复合物；✔&nbsp;与RIP结果可进行相互验证。样本量要求✔&nbsp;&nbsp;细胞样本＞1*108；✔&nbsp;&nbsp;组织 &gt;500mg。案例分享题目：Dendritic Cell Differentiation&nbsp;The STAT3-Binding Long Noncoding RNA lnc-DC Controls Human本文章主要探究lncRNA…]]></description>
<pubDate>2021-05-19 12:32:55</pubDate>
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<title><![CDATA[RIP-SEQ服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_333.htm]]></link>
<description><![CDATA[RIP-seq（RNA Immunoprecipitation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，通过特异性抗体对RNA结合蛋白进行免疫共沉淀，获得的RNA采用高通量测序技术得到与蛋白质结合的所有RNA的序列信息，通过后续的数据分析可以获得与蛋白质相互作用的RNA信息。RIP技术是研究转录后调控网络动态过程的有力工具。&nbsp;实验方案样本准备 —&nbsp;裂解物准备 —&nbsp;RIP实验 —&nbsp;RIP产物质检 —&nbsp;RNA文库制备 —&nbsp;上机测序 —&nbsp;数据分析&nbsp;&nbsp;分析内容&nbsp; 应用对象已知有感兴趣的蛋白，探究与蛋白结合的RNA分子（RNA分子可以为mRNA以及非编码RNA）；准确获取蛋白结合RNA的特征；获取蛋白结合序列的偏好性。&nbsp;技术优势✔&nbsp;&nbsp;覆盖度广：可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定；✔&nbsp;&nbsp;灵敏度高：可获得数百万条的序列，有利于对稀有的蛋白结合位点的发现和研究；✔&nbsp;&nbsp;分辨率高：可精确定位RNA与蛋白质结合位点；✔&nbsp;&nbsp;定量范围广：高于6个数量级的动态检测范围，同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。&nbsp;样本量要求✔&nbsp;&nbsp;细胞样本＞1*108；✔&nbsp;]]></description>
<pubDate>2021-05-28 15:48:47</pubDate>
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<title><![CDATA[大小鼠DNA甲基化捕获测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_164.htm]]></link>
<description><![CDATA[þ&nbsp;&nbsp;大鼠/小鼠DNA甲基化捕获测序SureSelectXT甲基化测序系统（Methyl-Seq）是一个全面的NGS靶向序列捕获系统。除研究人以外，该系统可以对大鼠、小鼠两种常见模式动物进行表观遗传学检测，帮助研究者寻找那些已知甲基化可影响基因调控的区域：CpG islands、CpG island shores、CpG island shelves、 undermethylated 区域、启动子及差异性甲基化区域 (DMR)。技术优势l&nbsp;&nbsp;&nbsp;小鼠约100 Mb区域设计CpG，大鼠90 Mb区域设计CpGl&nbsp;&nbsp; 高灵敏度：单碱基分辨率l&nbsp;&nbsp; 高端的生信分析平台：中科普瑞开发的表观云分析工具l&nbsp;&nbsp; 不依赖甲基化状态的探针l&nbsp;&nbsp; 高灵敏度：分辨率可达到单个碱基l&nbsp;&nbsp; 成本低：相比全基因组重亚硫酸盐测序，可提高通量并降低成本l&nbsp;&nbsp; 与现有甲基化方法相比，可降低偏差（bias）技术流程图1. SureSelectXT甲基化测序系统工作流程经过优化，用于采用 Agilent SureSelect 靶向序列捕获系统进行 DNA 甲基化分析数据分析利用中科普瑞开发的表观云分析工具分析 DNA 甲基化，可简]]></description>
<pubDate>2018-08-15 14:05:47</pubDate>
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<title><![CDATA[Pyrosequencing甲基化检测服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_159.htm]]></link>
<description><![CDATA[þ&nbsp;&nbsp;Pyrosequencing甲基化检测服务焦磷酸测序技术（Pyrosequencing）作为一种新的序列分析技术，能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测，为甲基化研究提供了新的途径。中科普瑞为您提供基于QIAGEN公司焦磷酸测序平台的服务。焦磷酸测序技术原理&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;焦磷酸测序技术是由4种酶（DNA 聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶）催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应。&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 具体过程如下：1.&nbsp; &nbsp; &nbsp;仪器向待检测样品中每次只加入一个核苷酸碱基(dNTP) ；2.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;互补的碱基结合在模板上时，会释放出焦磷酸基团Pyrophosphate (PPi) ；3.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;PPi在ATP硫酸化酶(ATP Sulfurylase)作用下，合成ATP，ATP作为能量分子，驱动荧光素在荧光素酶(Luciferase)的催化下转化为氧化荧光素，并发出与ATP能量成正比的荧光信号 ；4.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;信号被CCD数码相机捕捉，形成峰形Pyrogr…]]></description>
<pubDate>2018-07-31 09:24:26</pubDate>
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<title><![CDATA[甲基化DNA免疫共沉淀测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_158.htm]]></link>
<description><![CDATA[þ 甲基化DNA免疫共沉淀测序MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing），即甲基化DNA 免疫共沉淀测序。先用5&#39;-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断，然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组，所需测序数据量较少，但不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。MeDIP-Seq实验路线MeDIP-Seq技术路线MeDIP-Seq样品要求（基因组DNA）²&nbsp;&nbsp;样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；RNA 应去除干净。²&nbsp;&nbsp;样品浓度：最低浓度不低于50ng/ul。²&nbsp;&nbsp;样品总量：每个样品总量不少于10ug。²&nbsp;&nbsp;样品溶剂：溶解在H20或TE (pH 8.0)中。²&nbsp;&nbsp;样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。MeDIP-Seq数据分析展示图 差异甲基化区段分染色体注释。红色代表高甲基化，蓝色代表低甲基化。适合样本较少，用于整体展示差异甲基化区段在染色体上的分布。图 甲基化区域全基因组展示。最外面一圈代表染色体编号，由外向里逐层代表不同样本，用于展示样本的全基因组甲基化状态。图 ]]></description>
<pubDate>2021-05-19 11:13:51</pubDate>
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<title><![CDATA[ChIP-SEQ服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_86.htm]]></link>
<description><![CDATA[þ ChIP-SEQ通过染色质免疫沉淀（ChIP）检测和测序技术相结合，ChIP测序（ChIP-Seq）成为鉴定转录因子及其他蛋白因子在全基因组范围内的DNA结合位点的强有力方法。在ChIP操作之后，通过特异抗体将DNA结合蛋白免疫沉淀。结合的DNA被同时沉淀、纯化并测序。新一代测序（NGS）在ChIP上的应用已经揭示了一些在各种疾病和生物学通路（如发育和癌症发展）中发挥作用的基因调控事件的线索。ChIP-Seq能够在全基因组规模上实现对蛋白与核酸相互作用的全面检测。ChIP-Seq的优点可在任何生物体的整个基因组中捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点确定转录因子的结合位点结合RNA测序和甲基化分析，揭示基因调控网络可兼容不同起始量的DNA样品无偏向性地研究表观遗传模式ChIP-Seq可鉴定DNA结合蛋白的结合位点，可用于定位一个给定蛋白的整体结合位点。芯片及其他研究表观基因组的方法往往有着内在的偏向性，因为它们需要来自已知序列的探针，ChIP-Seq则不同，不需要任何先验知识。ChIP-Seq通过大规模并行测序提供全基因组的图谱，产生覆盖多个样品的数百万次计数分析，实现经济且精确的分析。]]></description>
<pubDate>2021-03-17 11:24:39</pubDate>
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<title><![CDATA[全基因组甲基化测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_85.htm]]></link>
<description><![CDATA[þ 全基因组甲基化测序DNA甲基化对生命活动非常重要，是基因调控的手段之一。DNA的甲基化状态对染色体的结构维持、X染色体失活、基因印记以及胚胎发育、正常细胞功能维持，乃至疾病、癌症发生都是十分重要的。全基因组甲基化测序是将重亚硫酸盐（Bisulfite）处理方法和Illumina高通量测序相结合，对有参考基因组信息的物种进行全基因组范围内的甲基化水平的测序。全基因组甲基化可以精确到单碱基分辨率，精确分析每一个C碱基的甲基化状态，从而构建全基因组甲基化图谱。全基因组重亚测序达到全基因组覆盖, 是研究甲基化水平的“金标准”。全基因组甲基化测序结合了亚硫酸氢盐转化（bisulfite conversion）方法与新一代高通量测序技术，可在单碱基分辨率水平上高效地检测全基因组DNA甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，PCR扩增所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对 PCR产物进行高通量测序，与参考序列比对，即可判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化。甲基化测序的优势可发现整个基因组中所有CpG、CHH和CHG区域的甲基化模式能以少量的DNA捕获全面的样品多样性能查看大多数物种基因组中几乎每个胞嘧啶的甲基化测序整个样品 – 而不丢失信息许多方法利用NGS的高质量和灵敏度来进行甲基化分析。大]]></description>
<pubDate>2021-03-17 11:15:03</pubDate>
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<title><![CDATA[Illumina 850K甲基化芯片服务]]></title>
<link><![CDATA[http://www.sinomics.comshow_84.htm]]></link>
<description><![CDATA[表观基因组是目前多组学研究的热点，而DNA的甲基化修饰又是表观遗传研究中最重要的领域。DNA甲基化修饰是基因表达调控的重要方式，在分化、发育、基因印迹、X染色体失活与维持组织特异性等众多方面起着重要作用。同时在许多复杂疾病，如癌症、神经系统紊乱、糖尿病等，的发生发展也与DNA甲基化有着千丝万缕的关系。在后基因组时代，随着高通量技术成本的日益降低，海量组学数据与研究结果让我们越来越认识到生命现象的复杂性。目前的研究前沿越来越倾向于以多组学的角度：从遗传和表观遗传到转录和代谢，从机制到表型，进行整合研究以得到全局结果。在当前的科研需求下，Illumina的甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip（简称850k芯片），提供了性能优越且经济可靠的甲基化解决方案。850K芯片是在原450K芯片巨大成功的基础上，推出了新一代的DNA甲基化芯片。在数据上既包含了原450K芯片91%的位点，以充分利用原有450K珍贵数据，又增加了413,745个位点（总共853,307个CpG位点）。850K芯片全面覆盖基因启动子区、基因编码区、CpG岛以及ENCODE及FANTOM5计划中发现的增强子区（图 1）。850K甲基化芯片不但是肿瘤和其他复杂疾病研究的有力工具，也是目前最适合表观全基因组关联分析（EWAS）研究的DNA甲基化研究技术。&nbs]]></description>
<pubDate>2023-10-10 17:02:19</pubDate>
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