lncRNA芯片服务

——

打印本文             


þ Sinomics 非编码RNA芯片

近年来大量研究表明非编码RNA在人类疾病调控中扮演重要角色。为开发疾病诊断标志物和筛选新药靶标带来新方向。同时,越来越多的新的转录组实验结果表明,基因组非编码序列有绝大部分是可以表达的。越来越多的事实证明转录出来的非编码RNA具有重要的生物学功能。

相关系列芯片服务:

Sinomics lncRNA芯片、Sinomics circRNA芯片、Sinomics ceRNA芯片



Sino Human lncRNA array V3.0

Sino human lncRNA array V3.0 是一款对转录产物进行检测的高通量芯片,检测范围包括lncRNA, mRNA。通过该芯片的检测,可以在全基因组范围内检测目前已知的差异RNAs分子,为后续的功能研究提供依据。


Sino Human lncRNA array V3.0芯片特点

²  设计平台:基于Agilent eArray平台设计,采用Agilent SurePrint喷墨打印技术合成, 

²  稳定性好;

²  探针特点:经典 60 mer探针长度,检出率高,重复性好;

²  数据来源:以国际主流lncRNA数据库为基础,包括NCBI,Ensmble,NONCODE,lnciPedia,结合lncRNA疾病,lncRNA外泌体研究数据库注释,功能研究数据库整合,来源范围广,参考意义大;

²  检测范围:同时检测lncRNA和mRNA,并可实现两者数据关联。

 

Sino Human lncRNA array V3.0芯片参数

1.   芯片检测的RNA的数量分布

规格

探针长度

ncRNA数目

mRNA数目

4×180K

60 nt

91,614

25,353



2.   参考数据库来源及数量

数据库

NCBI

Ensemble

Noncode   V5

Lncipedia5.0

检测数量

19,592

6,833

62,670

2,519



Sino Human lncRNA array V3.0芯片数据分析


blob.png



基础分析

1. 原始数据处理分析

1)数据归一化

2)箱线图

3)样本聚类图

4)样本相关性分析

5)主成份分析 (PCA)

2. 差异基因筛选

1)表达差异基因筛选

2)散点图

3)火山图

4)差异基因层级聚类热图

3. 差异mRNA功能分析(GO/KEGG

4.  lncRNA cis/trans靶基因预测

5. 靶基因功能分析(GO/KEGG


Sino Human lncRNA array V3.0芯片数据分析展示

1.         原始数据处理分析

2.         差异基因筛选

blob.png

3.         差异mRNA功能分析(GO/KEGG)

blob.png

4.         lncRNA吸附miRNA预测

近年的研究表明,lncRNA分子富含microRNA结合位点,在细胞中起到miRNA海绵吸附(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,这种机制称为内源竞争性RNA(ceRNA)机制。

我们通过对lncRNAmiRNA可能结合的位点分析,预测lncRNA吸附的miRNA分子,以便于从ceRNA角度研究lncRNA的分子功能。


5.         lncRNAcis/trans靶基因预测

Cis选取与lncRNA距离小于10kb的gene作为cis作用的靶基因。

Trans:预测采用数据库是物种对应的gene序列数据库。先采用blast选择出序列上具有互补性或相似性的序列,再利用RNAplex计算两序列之间的互补能量,选择e≤−30的序列。


6.         lncRNA疾病与外泌体研究注释

lncRNA与疾病的发生发展有着密切关系。虽然目前已知切确功能的lncRNA不多,但已有大量相关文献报道为研究lncRNA提供了参考。我们采用lncrnadisease(http://www.cuilab.cn/lncrnadisease)数据库对目前疾病中发现的lncRNA进行注释。

外泌体形成是由细胞膜内陷,形成内体(endosome),再形成多泡体(multivesicular bodiesMVB),最后分泌到胞外的囊泡结构。外泌体携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNARNAmRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA)等重要信息。我们采用exorbase http://www.exorbase.org/)和exoCartahttp://www.exocarta.org/)数据库,对已有研究的外泌体中发现的lncRNA进行注释,为后续研究,特别是外泌体研究提供参考。



lncRNA常用数据库

² NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

² ENSEMNBL:http://asia.ensembl.org/index.html

² UCSC:http://genome.ucsc.edu/

² NONCODE:http://www.noncode.org/

² LNCipedia:https://lncipedia.org/

² LncRNADisease database: http://www.cuilab.cn/lncrnadisease

²     CPC: http://cpc.cbi.pku.edu.cn/



中科普瑞科技服务团队参与lncRNA芯片发表相关文献

1 Pan Y, Chen J, Tao L. et al. Long noncoding RNA ROR regulates chemoresistance in docetaxel-resistant lung adenocarcinoma cells via epithelial mesenchymal transition pathway. Oncotarget. 2017, 8(20):33144-33158.

2 Wang W,, Gao F, Zhao Z, et al. Integrated analysis of  lncRNAmRNA co-expression profiles in patients with moyamoya disease. Sci Rep. 2017, 7:42421.

Zhou M, Hou Y, Yang G,et al. LncRNA-Hh Strengthen Cancer Stem Cells Generation in Twist-Positive Breast Cancer via Activation of Hedgehog Signaling Pathway. Stem Cells. 2016 , 34(1):55-66.

3 Xu B, Shao Q, Xie K, et al. The Long Non-Coding RNA ENST00000537266 and ENST00000426615 Influence Papillary Thyroid Cancer Cell Proliferation and Motility. Cell Physiol Biochem. 2016 , 38(1):368-78.

4 Li Y, Wang X, Li M, et al. Long Non-Coding RNA Expression Profile in the Kidneys of Male, Low Birth Weight Rats Exposed to Maternal Protein Restriction at Postnatal Day 1 and Day 10. Plos One.2015,10(3):e0121587.

5 Li Y, Wang H, Sun T, et al. Biological characteristics of a new human glioma cell line transformed into A2B5+ stem cells. Mol Cancer. 2015,14(1):75.

6 Lan X, Zhang H, Wang Z, et al.Genome-wide analysis of long noncoding RNA expression profile in papillary thyroid carcinoma. Gene. 2015, 569(1):109-17.

7 Zeng QH, Wang Q, Chen X,et al. Analysis of lncRNAs expression in UVB-induced stress responses of melanocytes. J Dermatol Sci. 2016,81(1):53-60.

8 Li J, Li P, Zhao W, et al. Expression of long non-coding RNA DLX6-AS1 in lung adenocarcinoma. Cancer Cell Int. 2015, 15:48.

9 Xu WH, Zhang JB, Dang Z, et al. Long Non-coding RNA URHC Regulates Cell Proliferation and Apoptosis via ZAK through the ERK/MAPK Signaling Pathway in Hepatocellular Carcinoma. Int J Biol SCI. 2014, 10(7):664-76.

10 Hu P ,Yang JJ, Hou YX, et al. LncRNA expression signatures of twist-induced epithelial-to-mesenchymal transition in MCF10A cells. Cell Signal, 2014 (IF:4.471)

11 Wang Q, Fan H, Liu Y, et al. Curcumin enhances the radiosensitivity in nasopharyngeal carcinoma cells involving the reversal of differentially expressed long non-coding RNAs. Int J Oncol. 2014, 44(3):858-64.

12 Xing D, Liang JQ, Li Y, et al. Identification of long noncoding RNA associated with osteoarthritis in humans. Orthop Surg. 2014, 6(4):288-93.

13 Yang Q, Zhang S, Liu H, et al. Oncogenic role of long noncoding RNA AF118081 in anti-benzo[a]pyrene-trans-7,8-dihydrodiol-9,10-epoxide-transformed 16HBE cells. Toxicol Lett. 2014, 229(3):430-9.








上一篇De novo转录组测序服务
下一篇circRNA芯片服务

科研服务FOCUS ON OMICS BRAND POSITIONING HELP YOU REALIZE THE VALUE OF RESEARCH BRAND

专注组学 精准定位 用心服务 帮您实现科研价值

——