circRNA芯片服务

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þSinomics 非编码RNA芯片

近年来大量研究表明非编码RNA在人类疾病调控中扮演重要角色。为开发疾病诊断标志物和筛选新药靶标带来新方向。同时,越来越多的新的转录组实验结果表明,基因组非编码序列有绝大部分是可以表达的。越来越多的事实证明转录出来的非编码RNA具有重要的生物学功能。

相关系列芯片服务:

Sinomics lncRNA芯片、Sinomics circRNA芯片、Sinomics ceRNA芯片


Sino Human circRNA array V3.0

Sino Human circRNA array V3.0 是一款专门用来对circular RNA(circRNA)进行检测的高通量芯片。该芯片基于国际公认circRNA权威数据库circBase收录数据为基础,以Agilent eArray平台设计的芯片。


Sino Human circRNA array V3.0芯片特点

²  设计平台:基于Agilent eArray平台设计,采用Agilent SurePrint喷墨打印技术合成,稳定性好;

²  探针特点:经典 60 mer探针长度,检出率高,重复性好;

²  检测特点:针对特异性剪接位点为中心的探针设计,检测circRNA特异性好;

²  数据来源:以国际主流circRNA数据库CircBase为主,结合现有对circRNA疾病,功能研究数据库整合,来源范围广,参考意义大;

²  检测数据:通过对circBase来源数据的去冗余,探针预设计等,最终筛选到53,635条circRNA作为检测对象。 


Sino Human circRNA array V3.0芯片数据分析


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基础分析

1. 原始数据处理分析

1)数据归一化

2)箱线图

3)样本聚类图

4)样本相关性分析

5)主成份分析 (PCA)

2. 差异基因筛选

1)表达差异基因筛选

2)散点图

3)火山图

4)差异基因层级聚类热图

3. 母基因功能分析(GO/KEGG)

4. circRNA吸附miRNA预测


Sino Human circRNA array V3.0芯片数据分析展示

1.  原始数据处理分析

2.   差异基因筛选

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3.  母基因功能分析(GO/KEGG

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4.  circRNA 吸附 miRNA 预测

近年的研究表明,circRNA分子富含microRNA结合位点,在细胞中起到miRNA海绵(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,这种机制称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。我们通过对circRNA与miRNA可能结合的位点分析,预测circRNA吸附的miRNA分子,以便于从ceRNA角度研究circRNA的分子功能。

5.  circRNA 疾病与外泌体研究注释

circRNA与疾病的发生发展有着密切关系。虽然目前已知切确功能的circRNA不多,但已有大量相关文献报道为研究circRNA提供了参考。我们采用CSCD(http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)数据库对目前疾病中发现的circRNA进行注释。

外泌体形成是由细胞膜内陷,形成内体(endosome),再形成多泡体(multivesicular bodies,MVB),最后分泌到胞外的囊泡结构。外泌体携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNA和RNA(mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA)等重要信息。我们采用exorbase (http://www.exorbase.org/)数据库,对已有研究的外泌体中发现的circRNA进行注释,为后续研究,特别是外泌体研究提供参考。


circRNA常用数据库

² circBase: http://www.circbase.org/

该数据库收录了包括人、小鼠、线虫、果蝇等在内的上万多条circRNA信息。

²  CircInteractome:https://circinteractome.nia.nih.gov/

该数据库可以检索circRNA的基本信息之外,还可以预测RBP是否能和某个circRNA结合,预测circRNA可以结合的miRNA。此外,该数据库可以对接设计circRNA的RT-PCR引物,可以设计siRNA干扰探针及鉴定潜在的核糖体结合位点(IRES)。

²  CSCD (Cancer-specific circRNAs database):http://gb.whu.edu.cn/CSCD/

该数据库收集了87个肿瘤细胞系样本的高通量测序数据,以4中不同的主流circRNA分析方法(CIRI、find_circ、circRNA_finder、circexplorer)进行分析,对肿瘤特异性的circRNA进行了归类和注释(包含272,152个肿瘤特异circRNA)。














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