ceRNA芯片服务

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近年来大量研究表明非编码RNA在人类疾病调控中扮演重要角色。为开发疾病诊断标志物和筛选新药靶标带来新方向。同时,越来越多的新的转录组实验结果表明,基因组非编码序列有绝大部分是可以表达的。越来越多的事实证明转录出来的非编码RNA具有重要的生物学功能。

相关系列芯片服务:

Sino lncRNA芯片、Sino circRNA芯片、Sino ceRNA芯片


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þ Sino Human ceRNA芯片V3.0

Sino human ceRNA array V3.0 是一款最大程度对转录产物进行检测的高通量芯片,检测范围包括circRNA, lncRNA, mRNA, small RNA(不包括miRNA)。通过该芯片的检测,可以在全基因组范围内检测目前已知的差异RNAs分子,为后续的功能研究,特别是ceRNA机制研究提供依据。



Sino Human ceRNA array V3.0芯片特点


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²  一举多得:可针对circRNA、lncRNA、smallRNA(miRNA除外)和mRNA进行全方位检测,覆盖范围广,一举多得,畅游ceRNA调控研究。

²  样品量少:满足总RNA量大于200 ng,就能进行芯片实验。非常适合微量样本,血来源样本,外泌体样本等。

²  平台稳定:基于Agilent eArray平台设计,采用Agilent SurePrint技术合成,稳定性好,能够对表达丰度相对较低的circRNA和lncRNA进行有效检测。

²  数据库新:芯片探针设计来源数据库包括国际主流认可circRNA数据库,lncRNA数据库等。(数据库更新时间,请蒋敏补充)

²  最新收录:芯片收录了各大数据库中有关small RNAs相关数据,包括misc_RNA ,snoRNA,snRNA等。

²  注释完整:根据已有相关数据库信息,对芯片上检测得RNAs进行疾病和外泌体检测注释。 

²  验证严格:芯片对检测的circRNAs进行了严格筛选和挑选,确保后期验证的高效性。

²  预测分析:通过生物信息学的预测与数据分析,最大程度挖掘可能潜在存在的RNAs-miRNA-mRNA关系对,为后续的ceRNA机制研究提供参考。


Sino Human ceRNA array V3.0芯片参数

1. 芯片检测的RNA的数量分布


规格

探针长度

circRNA数目

ncRNA数目

mRNA数目

4×180K

60 nt

53,635

91,614

25,353


2. 参考数据库来源及数量


数据库

circBase

NCBI

Ensemble

Noncode V5

Lncipedia5.0

检测数量

53,635

19,592

6,833

62,670

2,519



Sino Human ceRNA array V3.0芯片数据分析流程


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基础分析

1. 原始数据处理分析

1)数据归一化

2)箱线图

3)样本聚类图

4)样本相关性分析

5)主成份分析 (PCA)

2. 差异基因筛选

1)表达差异基因筛选

2)散点图

3)火山图

4)差异基因层级聚类热图

3. 母基因功能分析(GO/KEGG

4. circRNA吸附miRNA预测

5. lncRNA cis/trans靶基因预测

6. circRNA/lncRNA疾病与外泌体研究注释

7. 靶基因功能分析(GO/KEGG


Sino Human ceRNA array V3.0芯片数据分析展示


1.     原始数据处理分析

2.       差异基因筛选

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3.     母基因功能分析(GO/KEGG)

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4.      circRNA/lncRNA吸附miRNA预测

近年的研究表明,circRNA/lncRNA分子富含microRNA结合位点,在细胞中起到miRNA海绵吸附(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,这种机制称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。我们通过对circRNA/lncRNA与miRNA可能结合的位点分析,预测circRNA/lncRNA吸附的miRNA分子,以便于从ceRNA角度研究circRNA/lncRNA的分子功能。


5.      lncRNA的cis/trans靶基因预测

Cis: 选取与lncRNA距离小于10kb的gene作为cis作用的靶基因。

Trans: 预测采用数据库是物种对应的gene序列数据库。先采用blast选择出序列上具有互补性或相似性的序列,再利用RNAplex计算两序列之间的互补能量,选择e≤−30的序列。


6.      lncRNA/circRNA疾病与外泌体研究注释

lncRNA/circRNA与疾病的发生发展有着密切关系。虽然目前已知切确功能的lncRNA或circRNA不多,但已有大量相关文献报道为研究lncRNA或circRNA提供了参考。我们采用lncrnadisease(http://www.cuilab.cn/lncrnadisease)和CSCD(http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)数据库对目前疾病中发现的lncRNA和circRNA进行注释。

外泌体形成是由细胞膜内陷,形成内体(endosome),再形成多泡体(multivesicular bodiesMVB),最后分泌到胞外的囊泡结构。外泌体携带有母细胞的多种蛋白质、脂类、DNARNAmRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA)等重要信息。我们采用exorbase http://www.exorbase.org/)和exoCartahttp://www.exocarta.org/)数据库,对已有研究的外泌体中发现的lncRNAcircRNA进行注释,为后续研究,特别是外泌体研究提供参考。



高级分析展示


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