甲基化DNA免疫共沉淀测序服务

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þ 甲基化DNA免疫共沉淀测序

MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing),即甲基化DNA 免疫共沉淀测序。先用5'-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断,然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组,所需测序数据量较少,但不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。


MeDIP-Seq实验路线


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MeDIP-Seq技术路线


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MeDIP-Seq样品要求(基因组DNA)

²  样品纯度OD 260/280值应在1.82.0 之间;RNA 应去除干净。

²  样品浓度:最低浓度不低于50ng/ul

²  样品总量:每个样品总量不少于10ug

²  样品溶剂:溶解在H20TE (pH 8.0)中。

²  样品运输DNA低温运输(-20℃);且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。





MeDIP-Seq数据分析展示


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图 差异甲基化区段分染色体注释。红色代表高甲基化,蓝色代表低甲基化。适合样本较少,用于整体展示差异甲基化区段在染色体上的分布。



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图 甲基化区域全基因组展示。最外面一圈代表染色体编号,由外向里逐层代表不同样本,用于展示样本的全基因组甲基化状态。


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图 甲基化与表达谱关联分析。把有差异的基因分别在纵坐标上显示表达的差异,在横坐标上显示甲基化的差异。适合在整体上展示甲基化与表达的负相关性。


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图 基因甲基化状态与表达相关性分析。把相同的基因排在同一行上,热图展示各个基因的甲基化修饰与表达的水平及相关性。适用于对关键基因的展示。


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图 用于展示甲基化与表达的相互作用及调控的相关性。其中高表达的基因为红色,低表达基因为绿色;高甲基化基因为正三角形,低甲基化基因为倒三角形。


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图 甲基化程度在同不基因结构的均一化分布图。纵坐标代表甲基化程度,横坐标代表基因的不同位置。



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